W posynodalnej adhortacji apostolskiej papieża Jana Pawła II Ecclesia in Africa skierowanej do biskupów, kapłanów, diakonów, zakonnic oraz wszystkich wiernych o kościele w Afryce i jego misji ewangelizacyjnej u progu roku 2000 Jan Paweł II dokonał podziału historii Kościoła w Afryce na trzy fazy:
1. Ewangelizacja Egiptu i Afryki Północnej: pierwsze wieki chrześcijaństwa;
2. Regiony położone na południe od Sahary: XV i XVI w.;
3. Systematyczna i aktywna ewangelizacja Afryki: XIX w.
Pierwszy etap historii misji na kontynencie afrykańskim sięga pierwszych wieków chrześcijaństwa. Obszar jaki miał zostać schrystianizowany i gdzie była prowadzona ewangelizacja swym obszarem obejmował wówczas całą Afrykę Północną, od Egiptu na wschodzie, po Mauretanię na zachodzie. Działalność misyjna nie przyniosła jednak trwałych rezultatów i w następnych stuleciach na obszarach tych zapanował islam. Kościoły chrześcijańskie, żywotne do dzisiaj, przetrwały jedynie na terenie Egiptu i Etiopii (Kościół koptyjski i Kościół etiopski).
Drugi etap misji miał miejsce w czasach już nowożytnych: w XV i XVI wieku. Objął regiony położone na południe od Sahary czyli tereny i państwa tzw. Afryki Subsaharyjskiej. XV i XVI w. Faza ewangelizacji kontynentu, nastąpiła przede wszystkim w wyniku odkrywania i kolonizowania Afryki przez państwa europejskie. Proces ten obejmował m.in. terytorium dzisiejszego Beninu, Angoli, Wyspy Św. Tomasza, Mozambiku i Madagaskaru. W latach 80. XV w. na wyspie Goree (naprzeciw dzisiejszego DakarDakaru) Portugalczycy wznieśli pierwszą w Czarnej Afryce świątynię chrześcijańską. W 1518 roku do godności biskupiej został wyniesiony pierwszy przedstawiciel Czarnej Afryki - Henryk, syn króla Kongo. Jednak na skutek różnorakich trudności również ten etap ewangelizacji zakończył się w XVIII wieku likwidacją prawie wszystkich misji na terenach położonych na południe od Sahary.
Systematyczna i aktywna ewangelizacja Afryki czyli trzecia faza, rozpoczęła się w XIX wieku i trwa nadal. Misjonarstwo wróciło do Afryki we wzmożonej, trudnej formie pracy. Dzisiaj misje to przede wszystkim praca z ludźmi żyjącymi w skrajnej biedzie i w bardzo trudnych warunkach, w obliczu ciągle podsycanych lokalnych wojen. Religii nie przynosi się już na kontynent Afrykański jako coś nowego. Kościół rozwija się samodzielnie. Misjonarze z wielu religii wykonują zwykłe prace lecz w skrajnych warunkach, współpracując niosą ludziom pomoc we wszystkich możliwych znaczeniach - życiowym, materialnym, duchowym, edukacyjnym.
